У какого нотариуса лучше заверять доверенности — у чешского или российского?

Конечно, лучше у чешского.

Во-первых, российские нотариусы сами составляют тексты заверяемых документов, что делает возможным как искажение формулировок, так и ошибки при переводе. Во-вторых, на перевод доверенности от российского нотариуса  тратится обычно 2-3 дня. В третьих, доверенности прикладываются к основным документам фирмы вместе с переводом, что часто ведет к увеличению их объемов, следовательно, к повышенным расходам при заверении копий.

Однако, не всегда чешское консульство находится в пределах досягаемости, в таком случае удобнее обратиться в российскую нотариальную контору.